Tous les dauphins, sans exception, voient leurs effectifs diminuer à cause des pollutions, de la chasse, des abus d'utilisation des filets de pêche et des massacres organisés.

En mer, certaines espèces se font rares. C'est le cas du dauphin de Commerson en mer Arctique et du céphalorhynque à front blanc en Nouvelle-Zélande. D'autres cétacés, naguère abondants, voient leurs populations décliner comme le bélouga et le narval, en mer Arctique. Les populations de bélougas du Saint-Laurent au Canada vont probablement disparaître si des mesures draconiennes ne sont pas prises pour réduire la pollution des eaux.

Les popularions de céphaloryhnques et de lagénorhynques diminuent également de façon inquiétante. C'est le cas du céphalorhynque noir et du lagénorhynque à menton noir, qui sont chassés sur leur territoire au Chili pour être simplement utilisés comme appâts de pêche.
C'est aussi le cas du céphalorhynque à front blanc de Nouvelle-Zélande qui se noie fréquemment en s'emmêlant dans les filets de pêcheurs.

En ce qui concerne la Méditerranée, le dauphin commun n'est plus commun du tout, et il en est de même pour le marsouin commun en mer Noire.

Beaucoup plus inquiétant est le statut du vaquita, le marsouin de Californie, qui est au bord de l'extinction. Il le doit à la pression des activités humaines mais aussi à son aire de répartition, la moins étendue de tous les cétacés. Le dernier recensement fait état de quelques dizaines d'individus survivant au fond du golfe de Californie.

Les dauphins d'eau douce, qui vivent dans quelques-uns des plus grands fleuves du monde, sont également très exposés. Les populations sont décimées par la pollution, la chasse, la pêche, la construction de barrages et de ports, et la navigation.

Seul, le dauphin rose d'Amazonie n'est pas en danger d'extinction. Il le doit à sa localisation dans l'immense bassin de l'Amazone, en grande partie encore sauvage, qui le protège. Mais cet équilibre peut être remis en question si les brésiliens poursuivent la destruction de la forêt amazonienne.

Par contre, la situation s'aggrave pour le franciscain, le dauphin du Rio de la Plata et pour les platanistes respectifs de l'Indus et du Gange, dont les populations diminuent de façon inquiétante.
Enfin, le baïji, dauphin du Yangzi Jiang, connu aussi sous l'appellation de dauphin de Chine, est certainement l'espèce d'eau douce la plus menacée, malgré la création, dans le lit même du fleuve, des réserves naturelles de Tongling et de Shi-Shou.